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Haruyuki Arita est un collégien en surpoids et victime d'intimidation qui trouve du réconfort en jouant à des jeux en ligne. Mais sa vie prend un tournant radical un jour, lorsqu'il découvre que tous ses meilleurs scores ont été battus par Kuroyukihime, le populaire vice-président du conseil étudiant. Elle l'invite ensuite au salon étudiant et lui présente « Brain Burst », un programme qui permet aux utilisateurs d'accélérer leurs ondes cérébrales au point où le temps semble s'arrêter. Brain Burst fonctionne également comme un jeu de combat en réalité augmentée, et pour obtenir plus de points à accélérer, les utilisateurs doivent gagner des duels contre d'autres joueurs. Cependant, si un utilisateur perd tous ses points, il perdra également définitivement l’accès à Brain Burst.

Kuroyukihime explique qu'elle a choisi de montrer le programme à Haruyuki parce qu'elle a besoin de son aide. Elle souhaite rencontrer le créateur de Brain Burst et découvrir la raison pour laquelle il a été créé, mais c'est plus facile à dire qu'à faire ; pour ce faire, elle doit vaincre les « Six Rois de Couleur Pure », puissants chefs de faction du jeu, et atteindre le niveau 10, le plus haut niveau possible. Après que la jeune fille ait aidé Haruyuki à vaincre les intimidateurs qui le tourmentent, il jure de l'aider à atteindre son objectif, et c'est ainsi que commence le combat du duo pour atteindre le sommet.