Ore no Imouto ga Konnani Kawaii Wake ga Nai.

L'otaku inconditionnelle Kirino Kousaka est de retour et s'est réinstallée au Japon avec ses amis et sa famille. Malgré ce que son frère aîné Kyousuke a fait pour elle auparavant, Kirino continue de lui donner l'épaule froide, à sa grande frustration. Il craint que sa persuasion pour Kirino d'abandonner sa formation d'athlétisme en Amérique et de rentrer chez elle n'ait mis à rude épreuve sa relation avec elle. En plus de cela, Kyousuke doit maintenant également décoder un message audacieux et énigmatique de Ruri "Kuroneko" Gokou, son cadet à l'école ainsi que l'ami de Kirino.

Alors que les liens entre les deux frères et sœurs et leurs amis s'approfondissent, Kirino et Kyousuke devront bientôt comprendre comment ils veulent gérer ces relations, en s'aidant mutuellement à réaliser leurs propres sentiments dans le processus. Malgré cela, Kirino parvient toujours à trouver du temps pour satisfaire ses besoins d'otaku en compagnie de son frère.