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Haruka Nanase aime l'eau et la natation. À l'école primaire, il a participé et remporté une course de relais avec ses trois amis Rin Matsuoka, Nagisa Hazuki et Makoto Tachibana. Après avoir remporté le tournoi, les quatre amis se sont séparés. Des années plus tard, ils se retrouvent lycéens ; cependant, Rin ne se souciait pas du retour à la façon dont les choses étaient. Non seulement il fréquente une école différente, mais la seule chose qui compte pour lui est de prouver qu'il est un meilleur nageur qu'Haruka.

Après les amères retrouvailles, Haruka, Nagisa et Makoto décident de former le club de natation du lycée Iwatobi, mais ils auront besoin d'un quatrième membre s'ils espèrent participer au prochain tournoi. Entrez Rei Ryuugazaki, un ancien membre de l'équipe d'athlétisme que Nagisa recrute. Alors que le moment de la compétition approche, les quatre développent un lien étroit tout en s'entraînant intensément pour s'imposer et régler une fois pour toutes les choses entre Haruka et Rin.