Synopsis Complet
Dans un avenir pas si lointain, l’humanité a atteint un stade où des greffes complètes de corps, de la chair à la machine, sont possibles. Cela permet d’augmenter considérablement les prouesses physiques et cybernétiques et de brouiller les frontières entre les deux mondes. Cependant, les criminels peuvent également tirer pleinement parti de cette technologie, ce qui conduit à de nouveaux crimes, parfois très dangereux. En réponse à ces nouvelles méthodes innovantes, le gouvernement japonais a créé la section 9, une unité de police indépendante qui s'occupe de crimes aussi sensibles.
Dirigée par Daisuke Aramaki et Motoko Kusanagi, la Section 9 s'occupe de ces crimes dans l'ensemble du spectre social, généralement avec succès. Cependant, face à un nouveau hacker de niveau A surnommé « The Laughing Man », l'équipe se retrouve lancée dans un dangereux jeu du chat et de la souris, suivant la trace du hacker alors qu'il laisse sa marque au Japon.