Komi-san wa, Comyushou desu.

Hitohito Tadano est un garçon ordinaire qui aborde son premier jour de lycée avec un plan clair : éviter les ennuis et faire de son mieux pour se fondre dans la masse. Malheureusement, il échoue immédiatement lorsqu'il prend place à côté de la madone de l'école, Shouko Komi. Ses pairs le reconnaissent désormais comme quelqu'un à éliminer pour avoir une chance de s'asseoir à côté de la plus belle fille de la classe.

Magnifique et gracieuse avec de longs cheveux noirs, Komi est universellement adorée et immensément populaire malgré son personnage mystérieux. Cependant, à l'insu de tous, elle souffre d'une anxiété paralysante et d'un trouble de la communication qui l'empêche de socialiser pleinement avec ses camarades de classe.

Lorsqu'il est laissé seul dans la classe, une chaîne d'événements oblige Komi à interagir avec Tadano en écrivant au tableau, comme dans une conversation à sens unique. Étant la première personne à réaliser qu'elle ne peut pas communiquer correctement, Tadano prend la craie et commence également à écrire. Il découvre finalement que l'objectif de Komi est de se faire une centaine d'amis pendant ses études secondaires. Pour ce faire, il décide de lui donner un coup de main, devenant ainsi son tout premier ami.