Synopsis Complet
Un groupe se faisant appeler « Les Onze Individuels » a commencé à commettre des actes de terreur à travers le Japon. Tandis que Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou et les autres membres de la Section 9 enquêtent sur cette nouvelle menace, le gouvernement japonais est confronté à une autre crise, alors que les réfugiés étrangers déplacés par la Troisième Guerre mondiale demandent asile au Japon. Mais alors que les membres de l'équipe des opérations spéciales rencontrent continuellement Gouda Kazundo, un membre éminent du Cabinet Intelligence Service, dans leur chasse, ils commencent à soupçonner qu'il pourrait être impliqué et que les événements de la crise des réfugiés et de The Individual Eleven pourraient être plus liés qu'ils ne le pensent...