Synopsis Complet
Le premier jour du lycée, Mato Kuroi rencontre Yomi Takanashi, une fille timide et renfermée qui l'intéresse immédiatement. Mato fait de son mieux pour discuter avec Yomi, voulant se lier d'amitié avec elle. Au début, elle est évitée, mais la glace se brise lorsque Yomi remarque un oiseau bleu décoratif attaché au téléphone de Mato, tiré du livre "Li'l Birds At Play". Découvrant qu'ils ont un intérêt commun, les deux nouent une forte amitié.
Dans un univers alternatif, les jeunes filles existent en tant qu'êtres parallèles, Mato en tant que Black★Rock Shooter et Yomi en tant que Dead Master. D'une manière ou d'une autre, ce qui se passe dans un monde semble avoir un effet sur l'autre, et ignorant ce fait, les filles se retrouvent, sans le savoir, empêtrées dans les fils du destin.