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Dans le combat entre les Dragons du Ciel et les Dragons de la Terre, la princesse Hinoto, voyante des rêves, prédit la fin de l'humanité. Une entité centrale, Kamui Shirou, 15 ans, doit choisir de s'allier avec les Dragons de la Terre et détruire la civilisation pour protéger la planète ou avec les Dragons du Ciel pour sauver l'humanité.

Suite au dernier souhait de sa mère, Kamui retourne à Tokyo après six ans d'exil volontaire. Là, il tente de voler l'épée sacrée du temple protégé par Kyougo Monou, le père de ses amis d'enfance, Fuuma et Kotori. Cependant, après l'échec de l'aventure de Kamui, une personne mystérieuse parvient à obtenir l'épée à la place.

Croyant que Kamui est l'homme de sa prophétie, Hinoto envoie les Dragons du Ciel après lui pour le rallier à leur cause. Bien que Kamui rejette d'abord son destin, les attaques incessantes des Dragons de la Terre contre ceux qui lui sont chers le poussent à décider si la vie de ses amis doit prévaloir sur le sort de la Terre et finalement choisir son camp.