Synopsis Complet
Kanji Sasahara est un étudiant de première année introverti qui cherche juste un endroit où s'intégrer. Un jour, il tombe par hasard sur le club connu sous le nom de Société pour l'étude de la culture visuelle moderne – autrement connu sous le nom de Genshiken – qui sert à rassembler tout le spectre de la culture otaku. Sa première visite au club ne se termine cependant pas bien car la fierté de Sasahara est écrasée par son aîné, Harunobu Madarame, et il quitte la réunion en niant totalement sa nature d'otaku. Cependant, après s'être lié d'amitié avec Makoto Kousaka, membre du club, qui s'avère être un otaku inconditionnel malgré son apparence, Sasahara s'implique davantage dans les activités du club qui incluent l'obsession pour leur anime préféré, la lecture de doujinshi et la participation à des conventions. Là, il rencontre d'autres personnes intéressantes comme la petite amie résolument non-otaku de Kousaka, Saki Kasukabe, qui s'efforce de transformer son petit ami en un « gars normal ».
Alors que Saki a du mal à comprendre la culture otaku et l'amour de son petit ami pour elle, Sasahara se retrouve à profiter de son temps à Genshiken, se débarrassant progressivement de tout déni qu'il avait autrefois d'être un otaku et se plongeant dans un style de vie otaku.