Synopsis Complet
Après un certain temps de séparation, les amis d'enfance Akeno Misaki et Moeka China sont réunis au lycée marin pour filles de Yokosuka. Ici, ils sont rejoints par d’autres qui partagent leur rêve de devenir des Sirènes Bleues. Bientôt, les exercices d'entraînement commencent, Akeno et Moeka étant chargés de leurs propres navires et équipages. Tout se déroule bien pour Akeno alors qu'elle s'installe dans son rôle de capitaine et construit une camaraderie entre ses collègues membres d'équipage à bord du Harekaze, un destroyer. Cependant, des pannes inattendues de moteur et de navigation laissent bientôt leur navire bloqué et l'équipage en danger.
High School Fleet suit le vaillant équipage des Harekaze alors qu'ils naviguent dans des eaux dangereuses et d'autres obstacles dans leur quête pour devenir de véritables sirènes bleues.