Synopsis Complet
En 2059, un jeune stagiaire pilote de mecha nommé Alto Saotome et ses collègues se préparent à exécuter une routine d'accompagnement pour la célèbre chanteuse Sheryl Nome, venue à Macross Frontier pour un concert. Pendant la représentation, une espèce extraterrestre biomécanique connue sous le nom de Vajra fait une apparition soudaine, franchissant le périmètre défensif entourant le navire et s'écrasant près de la salle de concert, plongeant la ville entière dans le chaos. Alors que les spectateurs évacuent, une jeune fille nommée Ranka Lee est laissée pour compte et ciblée par le Vajra, mais elle est sauvée à la dernière minute par Alto. Suite à ces événements, le programme des Services militaires stratégiques note l'habileté d'Alto au combat, ce qui a conduit à son recrutement pour combattre la nouvelle menace extraterrestre.