Nande Koko ni Sensei ga!?

Ichirou Satou, lycéen de deuxième année, a toujours été une personne moyenne, jusqu'à ce qu'il se retrouve dans des situations pas si moyennes avec son professeur, Kana "Le Démon" Kojima. Kojima est le professeur de japonais de Satou et a la réputation d'être si impitoyable que même les délinquants scolaires se prosternent devant elle. Un jour fatidique, les choses dégénèrent lorsque Satou rencontre Kojima dans les toilettes, les amenant à partager une rencontre intime qui laisse libre cours à son imagination pendant des jours.

Nande Koko ni Sensei ga ? suit la vie quotidienne de Satou et de son professeur alors qu'ils continuent de se rencontrer dans des conditions similaires, se rapprochant de plus en plus à chaque rencontre.