Synopsis Complet
Pour donner une chance à l'humanité, une organisation connue sous le nom de DEAVA a été créée et l'utilisation d'une arme robotique nommée Aquarion a été autorisée. Pour que l'Aquarion atteigne sa pleine puissance, trois pilotes doivent combiner leurs cœurs, leurs corps et leurs âmes en un seul, un exploit que peu de gens peuvent espérer accomplir. Ainsi, la recherche de ce que l'on appelle les « utilisateurs d'éléments » a été prioritaire, dans l'espoir d'assurer l'avenir de l'humanité.
Sousei no Aquarion suit l'histoire d'Apollon, un jeune homme presque sauvage élevé dans la pauvreté, considéré comme un héros légendaire réincarné. Après que son meilleur ami ait été emmené par les Shadow Angels, Apollo choisit de devenir pilote d'Aquarion. Sera-t-il capable d'inverser le cours de la guerre et de libérer l'humanité de la menace des Shadow Angels une fois pour toutes ?