Synopsis Complet
Un an s'est écoulé depuis la Black Rebellion, un soulèvement raté contre le Saint Empire britannique dirigé par le justicier masqué Zero, désormais porté disparu. Désemparés sans leur leader révolutionnaire, le groupe de résistance de la Zone 11 – les Chevaliers Noirs – se retrouve trop impuissant pour lutter contre la brutalité infligée aux Onze par Britannia, qui s'est considérablement accrue afin d'anéantir tout espoir de révolte future.
Lelouch Lamperouge, ayant perdu tout souvenir de sa double vie, vit paisiblement aux côtés de ses amis en tant que lycéen à l'Ashford Academy. Son ancien partenaire C.C., incapable d'accepter cette tournure des événements, prend sur lui de lui rappeler son objectif passé, en espérant que le cerveau Zero se relèvera une fois de plus pour terminer ce qu'il a commencé.